國內12至17歲青少年施打BNT第一劑已滿4周，但英國、挪威、香港陸續建議青少年只要打一劑BNT，多位國內專家也提出示警。中國醫藥大學附設醫院感染管制中心副院長黃高彬提出四個原因，建議暫緩第二劑；中研院生醫所兼任研究員何美鄉則呼籲，指揮中心應公布所有「利、弊」相關數據，再讓青少年及家長自行決定，台灣感染症醫學會名譽理事長黃立民也贊成。
指揮中心發言人莊人祥今公布截至10月27日最新疫苗接種不良事件數據。接種BNT後出現心肌炎有19例，12至17歲心肌炎通報率，在男生是百萬分之22.5、女生是百萬分之5.5。這19例年齡介於12至21歲，有16男3女，其中12至17歲只有16人，包括13男、3女。19人當中有18例是輕症，其中17人已出院，一人門診追蹤，只有一人住院中。
黃高彬建議第二劑應暫緩，原因有四。首先是BNT和莫德納第二劑副作用都大於第一劑，現在第一劑12至17歲心肌炎通報率，差不多是美國的兩倍，第二劑打下去，通報率可能會變成美國的四倍。第二個原因是基於流行病學，青少年並非新冠肺炎高風險族群，即便感染，也大多為輕症，疫苗造成的血管炎風險可能還高於染疫本身。
黃高彬表示，第三個原因是現在疫情控制穩定，打一劑BNT至少會有六成保護力，這樣的效果已經跟季節流感疫苗相當了。第四個理由則是，現在包括BNT和莫德納都在研究降低劑量並維持效果，未來可能有更適當的第二劑劑量可用。
指揮中心解釋說，台灣是因為計算條件較美國寬鬆，所以數值才會高於美國。何美鄉強調，所有的通報系統數字都是低估不會高估，因此重點不是在於和美國的比較，而是指揮中心應告訴民眾和疫情相關的背景值，尤其我國一直缺乏的「年齡層」死亡率和重症率的資料。
「不能只是說利大於弊，而是要把利與弊的數據呈現出來」，何美鄉表示，如此民眾才有依據，可以評估自己是否能承擔相關風險，至於要不要接種疫苗，最終還是家長和青少年的決定。
黃立民分析，第二劑接種與否可考量兩點，一則是疫情，一則是有沒有替代方案。目前全球疫情來看，還是有必要接種疫苗以獲得保護力，但mRNA疫苗的替代方案相對較缺乏。如果第二劑要混打副作用較少的蛋白質疫苗，例如高端或Novavax，目前研究都還沒有結果。建議指揮中心把專家建議揭露的資料都公布清楚，然後按時程全面供應第二劑，民眾就能自行評估是否要接種。