立法院今（3）日審查「生技醫藥產業發展條例」草案，多數委員，包括自家民進黨委員都不挺，紛紛對於生技條例研發支出抵減率從35%調降25%表示不能認同，認為優惠「變相縮水」了。
然而，當媒體詢問王美花，排除財政部稅務原由，站在經濟部立場是否認同生技條例研發支出調降，她未正面回應，僅表示由財政部回應。
民進黨立委邱議瑩提到，過去投資抵免為35%下修到25%，認為如果不能超過35%，那至少可以維持在35%，認為如果澳洲政府願意給台灣企業提供43.5%的研發退稅獎勵，那麼業者都會選擇在國外發展，如何把優秀廠商留在台灣。
王美花說，跨部會討論時，相關投資抵減都要一起來看，是為了避免平衡性不用那麼大，認為用25%是合適的。邱議瑩也立馬回，接下來進入逐條審查會極力爭取，仍認為政府應該要讓研發業者更多投資抵免。
民進黨立委郭國文說，生技條例目的是要創造優化的條件，但無論草案跟預算是出現很多牴觸，如經濟部轄下的生物技術開發中心明年預算不增反減，草案租稅優稅從35%降至25%同樣相互牴觸。
民進黨立委賴瑞隆也詢問為什麼研發投抵從35% 降至25%。王美花解釋因為也要考慮產創條例對研發投抵相關比例，如果要比較合理性，就必須適度調降。賴瑞隆追問，是否經濟部比較支持鼓勵，但財政部有財政考量，王頻頻點頭稱是。
民進黨立委林楚茵質詢時指出，醫藥生技攸關全球福祉，有可能成為台灣下一個「護國神山」，但詢問35%降至25%的原因是因為擔心稅損嗎？財政部次長李慶華解釋，生技條例2006年訂定的時候營業所得稅為25%，現在營所稅已經降至20%，所以認為抵減比率應該調降。
但林楚茵也說，營所稅調降是針對所有產業，但對於應該被鼓勵、被優惠的醫藥產業它就沒有被優惠到，不能用通則下降套用到鼓勵的產業。李慶華說，產創條例給的抵減率只有15%，生技公司給到25%還是相對優惠。